百洑傳息BIOFLUMEN & XENSOR LAB張鈞豪博士 · Dr. Chun-Hao Chang
微流體 · 生物感測 · 體外診斷MICROFLUIDICS · BIOSENSING · IVD
MOLECULAR DIAGNOSTICS & NUCLEIC ACID DESIGN
整合 PCR／qPCR、LAMP、RPA／RAA、NASBA／TMA、RCA／Padlock 與 HDA／SDA 的核酸設計資源，並保留 NUPACK 和二級結構工具。依實際功能分辨網頁設計器、開源程式、資料庫及原廠指南。
Design resources for PCR/qPCR, LAMP, RPA/RAA, NASBA/TMA, RCA/padlock probes, HDA/SDA and NUPACK. Clearly labeled web tools, local-install source projects, curated databases and manufacturer guidance.
RECOMMENDED DESIGN WORKFLOW
請選擇資源類型，或使用上方方法捷徑。
PCR & OLIGO VALIDATION
先完成候選引子設計，再評估 Tm、GC%、hairpin、自身或異源二聚體及可能的非專一性擴增。Design primer candidates and evaluate Tm, GC%, hairpins, homo-/heterodimers, and possible off-target amplification.
PCR 引子設計與專一性檢查PCR Primer Design & Specificity
以目標核酸序列設計 PCR primers 並檢查可能的非特異性擴增。Design and screen PCR primer pairs for specificity against sequence databases.
運算結果屬設計建議；實際測試仍須實驗驗證。Predicted specificity requires experimental validation.
前往官方資源Visit official source · External site線上設計器Web designer
Primer3 project
Primer3 的開源網頁介面，可調整引子長度、Tm、產物大小與排除區域，適合基礎 PCR、定序及研究教學。Open-source web interface to Primer3 for adjustable primer size, Tm, product ranges and excluded regions.
此處為第三方站點；設計結果仍需以 Primer-BLAST 等工具再評估專一性。External tool; assess candidate specificity separately, e.g. with Primer-BLAST.
前往線上工具Open external tool線上設計器Web designer
Integrated DNA Technologies
支援一般 PCR、SYBR 型 qPCR 及引子加探針設計，提供擴增產物與多種序列參數設定。Create primer-only or primer-plus-probe PCR/qPCR assays with configurable constraints.
IDT 官方線上服務，使用前須登入或註冊；設計不等同已驗證的臨床檢測。IDT sign-in/registration is required. Research-only designs are not clinically validated.
前往線上工具Open external tool線上設計器Web designer
Integrated DNA Technologies
可輸入 DNA／RNA 寡核酸序列，估算 Tm、GC%、自我／互補二聚體及 hairpin；適合設計後複核。Analyze DNA/RNA oligos, Tm, GC%, self-/heterodimers and hairpin structures after designing primers.
依 IDT 官方說明需登入或建立帳號；參數依鹽濃度等條件而改變。IDT login/registration is required; predicted values depend on reaction conditions.
前往線上工具Open external toolLOOP-MEDIATED ISOTHERMAL AMPLIFICATION
針對 F3／B3、FIP／BIP 及 LF／LB 等多引子組合設計；不同平台演算法不相同，需以實驗比較候選組。Design multiple coordinated LAMP primers (F3/B3, FIP/BIP, LF/LB). Compare candidate sets experimentally because algorithms differ.
線上設計器Web designer
New England Biolabs
線上設計 F3、B3、FIP、BIP 及選用 LF／LB，可調整 Tm、長度、GC、loop 間距等參數；有官方教學。Browser LAMP design with F3/B3, FIP/BIP and optional LF/LB primers, tunable Tm, GC and spacing.
NEB 建議比較多組候選 LAMP primers，避免將電腦預測視為保證的擴增效率。NEB recommends screening multiple sets; in-silico candidates do not guarantee performance.
前往線上工具Open external tool線上設計器Web designer
Eiken Chemical
Eiken 官方 PrimerExplorer 網站，專門處理 LAMP 多區域引子設計；舊版操作環境可能需特定瀏覽器／Java 元件。Official LAMP multi-region primer tool from Eiken; legacy browser/Java compatibility can limit actual operation.
重要：原廠公告 2025 年已改至此新網址，舊域名有仿冒警示。請勿使用 primerexplorer.jp 舊址；目前本站未完成跨瀏覽器實際運算測試。Eiken warns that its former primerexplorer.jp address is impersonated. Use only the new official address; runtime compatibility has not been verified.
前往線上工具Open external tool線上設計器Web designer
PrimerDigital / Ruslan Kalendar
以網頁選擇 4–6 條 LAMP primers，支援 NCBI accession 或 FASTA 輸入，並提供低複雜度與非專一性引發篩檢選項。Browser-based 4–6-primer LAMP workflow with accession/FASTA input and design-quality checks.
屬研究團隊／第三方維護網站，非 LAMP 原廠認證；使用者須遵守其條款及資料上傳規範。Independently maintained, not an endorsed assay. Review its terms and data submission policy.
前往線上工具Open external tool開源程式／需安裝Source code / install
Shanghai Jiao Tong University / GLAPD
針對多個目標菌株與非目標背景序列設計 LAMP 引子組合；可做跨菌株的保守區域與交叉反應評估。Design LAMP sets across multiple target genomes and background genomes; screen conserved regions and off-target matches.
GPL-2.0；Linux、C／Perl、Bowtie，需自行安裝。GPL-2.0; requires Linux, C/Perl and Bowtie setup.
查看原始碼與安裝說明View source & install guide開源程式／需安裝Source code / install
Davletkulov et al. / GitHub
Python／Qt 桌面程式，可處理較長序列並篩除 homo-/heterodimers，附 MIT 授權。Python/Qt desktop app for longer templates and homo-/heterodimer exclusion, under MIT.
MIT；README 說明 Windows，需 Python、PyQt6 等套件；不是網頁服務。MIT; Windows-focused Python/PyQt6 desktop program, not a web service.
查看原始碼與安裝說明View source & install guide開源程式／需安裝Source code / install
Lawrence Livermore / LAVA
使用多序列比對尋找目標間共通的 LAMP 候選組合，依長度、Tm 與區域間距進行篩選。MSA-based LAMP candidate generation considering conserved regions, primer lengths, Tm and site spacing.
較舊的 Perl／BioPerl、Primer3 桌面／命令列流程；移植前需再檢查授權與相依套件。Legacy Perl/BioPerl and Primer3 CLI workflow; verify license and dependencies before reuse.
查看原始碼與安裝說明View source & install guide開源程式／需安裝Source code / install
shandley / primd
具完整六引子 LAMP 候選設計與熱力學篩選 API；適合當作開發網頁教具的程式參考，但 GitHub 原始碼不是直接可操作的設計頁。Pure TypeScript PCR and six-primer LAMP API with thermodynamic screening; library, not a ready-made web designer.
MIT；可於現代瀏覽器或 Node.js 整合，尚需獨立實驗驗證設計品質。MIT; browser/Node.js compatible but requires integration and independent validation.
查看原始碼與安裝說明View source & install guide線上設計器Web designer
ConductScience
提供 F3／B3、FIP／BIP、LF／LB 候選排名與 CSV 匯出，站方標示純瀏覽器運算。Client-side six-primer design with ranked candidate sets and CSV export, as stated by the provider.
第三方網頁演算法；尚未有獨立臨床驗證，請用 NEB 等結果交叉比對。Third-party web algorithm; compare against established tools and validate independently.
前往線上工具Open external tool引子資料庫Primer database
Heider Lab / Arabi-Jeshvaghani et al.
收錄呼吸道病原體相關、經文獻實驗驗證的 LAMP 引子組合，適合比較目標區域；不是新引子設計器。Curated literature-validated LAMP sets for respiratory pathogens; not a de novo design tool.
有 2023 年同儕審查論文；外部資料庫伺服器的即時可用性仍可能變動。2023 peer-reviewed study; live database availability may vary.
查詢引子資料庫Browse primer database原廠或文獻指南Official / research guide
New England Biolabs
搭配現有 NEB 設計器的原廠問答，說明為何應比較不同 LAMP primer sets。Official guidance supplementing the NEB primer designer, with advice for screening candidate sets.
教學與研究指南；不產生新引子序列。Reference guidance, not a design engine.
閱讀設計指南Read design guidanceRECOMBINASE-BASED ISOTHERMAL AMPLIFICATION
RPA／RAA 引子與探針候選設計、文獻已驗證序列檢索；須自行確認所選試劑系統的設計規範。Design RPA/RAA primer/probe candidates or consult literature-validated pairs. Follow your specific reagent platform's requirements.
線上設計器Web designer
EZassay
以 PrimedRPA 演算法提供線上引子與探針候選設計，支援單筆或多筆序列與保守區域分析。Web-based RPA primer and EXO/NFO probe candidates with conservation analysis across sequences.
商業第三方網站，操作與資料保存政策由業者管理；請勿直接上傳未公開或具敏感性的研究序列。Third-party commercial platform; confirm data retention and terms before uploading confidential sequences.
前往線上工具Open external tool引子資料庫Primer database
RPA/RAA Primer Database research team
可依研究文獻查詢已發表且經實驗測試的 RPA／RAA 引子，適合作為新設計的參考；不是自動新引子設計器。Curated literature-validated RPA/RAA primer pairs. A reference database, not a de novo design engine.
以原文獻確認試驗條件、特異性、菌株／變異株相容性；原研究結果不代表在您的反應條件必然有效。Verify assay conditions and target variants against original publications.
查詢引子資料庫Browse primer database開源程式／需安裝Source code / install
Higgins et al. (Bioinformatics, 2018)
具 Bioinformatics 論文的 RPA 引子與 exo probe 候選篩選流程，可利用多序列比對與 BLAST 交叉反應檢查。Published RPA primer and exo probe selection pipeline with MSA and BLAST-based screening.
Python 命令列，依賴舊版套件及 Clustal Omega／BLAST；需自行設置，未確認完整開源授權。Python CLI with legacy dependencies; setup required and redistribution license not established.
查看原始碼與安裝說明View source & install guide開源程式／需安裝Source code / install
MangoBank / GitHub
Python GUI／CLI 支援一般 RPA 引子與 EXO／NFO 探針候選設計，輸出 CSV；程式文件註明進階多序列及特異性模式仍在規劃。Python GUI/CLI for RPA primer and EXO/NFO probe candidates, with CSV output; advanced specificity workflows are unfinished.
MIT；較新、使用者較少，與真實 RPA 反應的預測一致性需另行確認。MIT; newer small project requiring independent experimental validation.
查看原始碼與安裝說明View source & install guide原廠或文獻指南Official / research guide
Abbott / TwistDx
官方 RPA 支援與文件入口，包含引子、探針及反應條件考量；依實際所選試劑確認可用規範。Manufacturer support and documentation for RPA primer/probe considerations and assay setup.
原廠說明，非網頁設計器；內容與適用產品版本依官方更新。Guidance rather than a web designer; verify product-specific current documents.
閱讀設計指南Read design guidanceRNA ISOTHERMAL AMPLIFICATION
設計含 T7 promoter 的 NASBA／TMA 引子，參考實作指南及具 NASBA 設定的桌面程式；目前沒有將這類指南誤標成完整線上設計器。Learn promoter-tailed NASBA/TMA primer design from method guides and desktop software. Guidance is not presented as a fully automatic web designer.
原廠或文獻指南Official / research guide
New England Biolabs
說明 NASBA／TMA 的 RNA 擴增機制，其中一條引子需於 5′ 端帶入 T7 RNA polymerase promoter。Explains RNA-based isothermal amplification, including a primer carrying a 5′ T7 RNA polymerase promoter.
NEB 原廠技術指南；不是自動化設計器。Manufacturer method guide, not an automated primer designer.
閱讀設計指南Read design guidance開源程式／需安裝Source code / install
danilkotelnikov / GitHub
含 NCBI 序列檢索、Primer3、Primer-BLAST、RPA／NASBA 等預設；LAMP 僅設計外側引子，不能誤認為全套 LAMP 設計。Desktop primer workflow using Primer3 and Primer-BLAST with NASBA/RPA presets; LAMP support covers outer primers only.
MIT；Python／PySide6 桌面程式，NASBA 的 T7 tail 與實際探針仍需人工複核。MIT; Python/PySide6 desktop app; verify T7 promoter tail and probe details independently.
查看原始碼與安裝說明View source & install guideROLLING CIRCLE & PADLOCK DESIGN
查找 padlock probe 辨識臂、連接位點、條碼與多重設計流程；這類工具設計的是探針，不等於直接最佳化整套 RCA 酵素反應。Select padlock probe arms, ligation sites, barcodes and multiplex panels. Probe design alone does not optimize the full RCA chemistry.
開源程式／需安裝Source code / install
Moldia / Mats Nilsson Lab
對 cDNA 目標設計多個 padlock 探針，評估辨識臂 Tm、背景比對與多重靶點組合。Multiplexed padlock probe design for cDNA targets with arm Tm and target-specificity screening.
Python、BLAST+、ClustalW；需安裝外部相依套件並確認本專案授權。Python plus BLAST+ and ClustalW; review project license before reusing code.
查看原始碼與安裝說明View source & install guide開源程式／需安裝Source code / install
HuangLab-PKU
用於空間轉錄體學的 padlock probe 設計；適合比較探針的 target arm 與後續擴增系統整合。Padlock probe design workflow for spatial transcriptomics and target arm selection.
MIT；Python 程式，非直接操作的線上設計器。MIT; Python source project rather than a browser service.
查看原始碼與安裝說明View source & install guide開源程式／需安裝Source code / install
Simons et al. / Locksmith
針對目標 DNA 區域規劃探針辨識臂與多重 panel，具 Snakemake 工作流程與示範資料。Molecular inversion probe/padlock panels with Snakemake workflow and test data.
需 Linux 或類 Unix 環境及多項工具；原始碼授權不明確，不直接在本站重製。Setup/dependencies required; do not redistribute source without confirmed license.
查看原始碼與安裝說明View source & install guide原廠或文獻指南Official / research guide
circtools contributors
官方使用說明可設計多組 circRNA 或線性 RNA padlock probes，特別適合進階分子檢驗與 RNA 研究。Command-line padlock design for multiple circular or linear RNA targets.
為命令列模組的官方文件；不是純瀏覽器設計器。Command-line module documentation, not a browser designer.
閱讀設計指南Read design guidance原廠或文獻指南Official / research guide
New England Biolabs
解釋 phi29 DNA polymerase 對環形模板的延伸與 strand-displacement；可與 padlock probe 設計課程銜接。Manufacturer overview of phi29-mediated circular-template amplification and strand displacement.
方法學概覽，不會自動設計 padlock probe 或環形模板。Method overview only, not automated probe/rolling-circle design.
閱讀設計指南Read design guidanceHELICASE / STRAND DISPLACEMENT GUIDES
以原廠指南為主，說明 HDA 雙引子與 SDA／NEAR 的 nicking-site 引子尾端；沒有已確認可靠的專用網頁設計器。Manufacturer guidelines for HDA primer pairs and SDA/NEAR nicking-site tails; dedicated validated web designers are not established.
原廠或文獻指南Official / research guide
New England Biolabs
說明 helicase 解鏈、雙引子與短片段目標的 HDA 原理，搭配 Primer3 進行候選區域選擇。Overview of helicase-dependent amplification and two-primer design considerations.
僅原廠方法指引，非專用線上設計程式。Manufacturer guidance, not a dedicated designer.
閱讀設計指南Read design guidance原廠或文獻指南Official / research guide
New England Biolabs
提供 tHDA 專用的產物大小、primer 長度、Tm 與 GC 篩選建議，特別指出 PCR 引子不能直接保證適合 HDA。Protocol with tHDA-specific primer length, Tm, GC and amplicon recommendations; PCR success alone is insufficient.
原廠操作建議；反應參數依使用產品與條件而定。Manufacturer protocol, subject to chemistry and kit version.
閱讀設計指南Read design guidance原廠或文獻指南Official / research guide
New England Biolabs
整理 SDA 的外側 bump primers、內側含 nicking enzyme 辨識位點之 5′ tail，及 NEAR 反應基本概念。Guide to SDA outer bump primers and 5′ nicking-site tails on inner primers, plus NEAR workflow.
原廠方法學文件；不是專用即時引子設計器。Manufacturer method documentation; not a web design service.
閱讀設計指南Read design guidanceNUCLEIC ACID STRUCTURES & DNA CIRCUITS
評估 RNA／DNA hairpin、交互作用、雙分子配對與多股系統，適合 HCR、toehold 及 DNA strand displacement 概念設計。Analyze RNA/DNA hairpins, intermolecular interactions, bimolecular folding and multistrand systems for HCR, toehold and strand-displacement designs.
核酸分析平台Structure / analysis tool
Caltech / Pierce Lab
適合分析 DNA／RNA hairpin、自由能、複合體配對及多股組裝；可建立序列約束與多狀態設計，用於 HCR／DNA circuit 等研究。不是一鍵式 PCR 引子產生器。Thermodynamic structure and multistrand sequence design for hairpins, toeholds, HCR and DNA circuits; not a one-click PCR primer generator.
官方顯示提交新計算工作需有效訂閱與登入；Demo 可免登入使用。使用者須依 NUPACK 授權條款及引用規範操作。Active subscription/login required to run new jobs; demos can be explored without logging in. Follow licensing and citation terms.
前往線上工具Open external tool核酸分析平台Structure / analysis tool
University of Vienna / ViennaRNA
輸入序列預測最低自由能（MFE）結構及配對機率，可觀察 RNA hairpin 與二級結構穩定性。Predict minimum free-energy structures and base-pair probabilities for RNA or DNA sequences.
與多股核酸的反應路徑分析不同；對複雜 strand displacement 系統需使用合適的補充工具。Single-strand folding is not a complete model for multistrand reaction pathways.
前往線上工具Open external tool核酸分析平台Structure / analysis tool
University of Rochester / Mathews Lab
提供核酸折疊、bifold／DuplexFold、partition function 與結構繪圖等模組，可用於評估 hairpin 與核酸間互作。Online Fold, bifold, DuplexFold, partition function and structure visualization utilities.
線上版本有序列長度與計算時間限制，部分功能可能因維護暫時無法使用。Web jobs may have sequence/time limits; selected modules undergo maintenance.
前往線上工具Open external toolDATABASE SEARCH & SPECIFICITY
透過公共序列資料庫比對核酸或蛋白質序列；相似性查詢不能單獨證明臨床診斷專一性。
DNA／蛋白質序列比對Nucleotide & Protein Sequence Search
使用參考資料庫比較核酸及蛋白質序列，練習序列相似性與鑑定。Compare DNA and protein sequences with reference databases for similarity and identification.
序列相似性不等同於臨床鑑定或功能確證。Sequence similarity alone is not clinical identification.
前往官方資源Visit official source · External site※ 所有連結均前往原始維護單位，本站不託管第三方演算法或序列。請特別區分可即用的「線上設計器」、須安裝套件的「開源程式」、只提供設計原則的「指南」，以及不能產生新引子的「資料庫」。公開 GitHub 程式碼不必然表示允許重製，移植前請查驗授權。NUPACK 新工作可能需要訂閱，IDT 需登入；Eiken PrimerExplorer 請勿使用已遭仿冒警告的舊網址。任何 primer、probe、padlock 與多股設計均需實驗驗證，不作為臨床診斷依據。All resources link to their original providers. Browser designers, locally installed code, method guides and curated primer databases are distinct. Public code is not automatically redistribution-licensed. NUPACK jobs may require a subscription; IDT requires login; use Eiken's current official domain. All designs require experimental validation and are not clinical diagnostic tools.